Berdirinya Dinas Pendidikan Pemuda dan Olahraga tidak lepas dari berdirinya Kabupaten Penajam Paser Utara yang didasari oleh Undang-Undang No. 7 Tahun 2002 tentang Pembentukan Kabupaten Penajam Paser Utara di Provinsi Kalimantan Timur (Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 2001 Nomor 20, Tambahan Lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 4182). Selanjutnya Pemerintah Kabupaten Penajam Paser Utara melalui Peraturan Daerah Kabupaten Penajam Paser Utara No. 2 Tahun 2024 tentang Kedua Perubahan atas Peraturan Daerah Nomor 3 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Penajam Paser Utara (Lembaran Daerah Kabupaten Penajam Paser Utara Tahun 2024 Nomor 2 ). Ketentuan tersebut kemudian dijabarkan melalui Peraturan Bupati Penajam Paser Utara Nomor 37 Tahun 2017 tentang Susunan Organisasi, Tata Kerja, Tugas Pokok, dan Fungsi Dinas Pendidikan Pemuda dan Olahraga Kabupaten Penajam Paser Utara (Berita Daerah Kabupaten Penajam Paser Utara Nomor. 37).